إن التوسع الكمي الذي تشهده جامعة جازان المتمثل في عدد كلياتها و أقسامها العلمية والعمادات المساندة وأعضاء هيئة التدريس، والطلاب، والطالبات، والموظفين يتزامن مع اهتمام الجامعة بتطوير العمل الأكاديمي والإداري وفقاً لخطتها الاستراتيجية المرسومة, ووفقاً لمعايير التقويم، والاعتماد الأكاديمي المحلي والعالمي، ولتحقيق هذا التوازن, والنهوض بهذا الجهد؛ فقد أنشأت جامعة جازان ثلاث وكالات للجامعة هي :

• وكالة الجامعة.
• وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي.
• وكالة الجامعة للشؤون الأكاديمية .

تشتمل جامعة جازان على (16) كلية منها: (12) كلية تمنح درجة البكالوريوس للطلاب والطالبات, و (4) كليات تمنح درجة الدبلوم، وهذه الكليات وأقسامها العلمية هي :
 

1. كلية الطب
   تتكون من(19) قسماً هي: الأحياء الدقيقة والطفيليات، وقسم النساء والتوليد، وقسم الأحياء الطبية، وقسم علم الأدوية السريرية، وقسم الأطفال، وقسم علم الأمراض، وقسم التشريح والأنسجة، وقسم العيون، وقسم الجراحة، وقسم الفيزياء الطبية، وقسم الكيمياء الطبية، وقسم علم وظائف الأعضاء، وقسم الكيمياء الحيوية، وقسم طب الأسرةوالمجتمع، وقسم الطب الباطن، وقسم الأشعة والتصوير الطبي، وقسم التخدير، وقسم الأنف والأذن والحنجرة، و قسم العظام.
2. كلية التمريض والعلوم الصحية :
   تتكون من ستة أقسام : قسم تقنية المختبرات الطبية، قسم تقنية الأشعة التشخيصية ، قسم التغذية الإكلينيكة، قسم العلاج الطبيعي، قسم التمريض ، قسم الصحة العامة.
3.  كلية الهندسة وعلوم الحاسب :
   تتكون من ستة أقسام هي: قسم الهندسة الكهربائية والإلكترونية، وقسم الهندسة الميكانيكية، وقسم الهندسة الصناعية، وقسم الهندسة المدنية والمعمارية، وقسم الهندسة الكيميائية، وقسم علوم الحاسب .
4.  كلية العلوم :
   تتكون من ثلاثة أقسام هي : قسم العلوم الفيزيايئية، وقسم الأحياء، وقسم الرياضيات .
5.  كلية الصيدلة :
   تتكون من أربعة أقسام هي: قسم الكيمياء الصيدلية والعقاقير، وقسم علوم الأدوية والسموم، وقسم الصيدلة السريرية، قسم الممارسة السريرية .
6.  كلية الأعمال :
   تتكون من ثلاثة أقسام هي: قسم الإدارة والتسويق, وقسم المحاسبة المالية، وقسم نظم المعلومات الإدارية .
7.  كلية طب الأسنان :
   تتكون من أربعة أقسام هي : قسم علوم اصلاح الأسنان, وقسم جراحة الوجه والفكين وعلوم التشخيص, وقسم علوم الاستعاضة السنية, قسم علوم وقاية الأسنان .
8.  كلية الفنون والعلوم الإنسانية :
   تتكون من خمسة أقسام هي: قسم اللغة عربية وآدابها, وقسم العلوم الاجتماعية، وقسم الفنون, وقسم العلوم التربوية, وقسم اللغات الأجنبية .
9. كلية التطبيقية:
   تتكون من هما : .
10.  الكلية التطبيقية في صامطة :
    تتكون من سبعة أقسام هي: قسم الأشعة ، قسم الكيمياء، قسم التمريض، قسم الفيزياء، وقسم رياض الأطفال، وقسم الاقتصاد المنزلي، وقسم اللغة الإنجليزية .
11.  الكلية الجامعية في فرسان :
    تتكون من خمسة أقسام هي: قسم اللغة الإنجليزية، وقسم الاقتصاد المنزلي، وقسم تقنية المعلومات، وقسم الرياضيات، وقسم العلوم الطبية.
12.  الكلية الجامعية في الدرب :
    تتكون من ثمانية أقسام هي : قسم الفيزياء، قسم الكيمياء ،قسم الأحياء، وقسم الرياضيات، وقسم العلوم الطبية، وقسم اللغة الإنجليزية، قسم علوم الحاسب الآلي، وقسم إدارة الأعمال .
13.  الكلية التطبيقية في العارضة:
    تتكون من خمسة أقسام هي: قسم العلوم الطبية التطبيقية (مختبرات طبية)، قسم الفيزياء، قسم اللغة الانجليزية (ترجمة)، قسم الكيمياء، قسم علوم الحاسب.
14. كلية الشريعة والقانون :
    تتكون من ثلاثة أقسام هما : قسم الشريعة، قسم القانون ، وقسم الدراسات الإسلامية .
15.  الكلية الجامعية في الداير:
    تتكون من خمسة أقسام هي : قسم العلوم الطبية ، قسم الرياضيات، قسم اللغة الانجليزية ، قسم الأحياء ، قسم الدراسات الإسلامية .
16.  كلية التطبيقات الصناعية بيش:
    تتكون من ثلاثة أقسام هي : قسم تقنية الهندسة الكيميائية، وقسم تقنية الهندسة الكهرباية، وقسم الهندسة الميكانيكية .
     

توجد في جامعة جازان خمس عمادات هي:
 

1.  عمادة الدراسات العليا والبحث العلمي.
2.  عمادة التطوير والجودة.
3.  عمادة القبول والتسجيل.
4.  عمادة الموارد البشرية والتقنية.
5.  عمادة شؤون الطلاب.

توجد في الجامعة عشر معاهد، ومراكز ووحدات هي:

1. معهد البحوث والخدمات الاستشارية .
2.  مركز بحوث البيئة والطبيعة.
3.  مركز البحوث الصحية.
4. مركز البحوث الإنسانية والإجتماعية.
5.  مركز البحوث الهندسية والتقنية.
6.  مركز التعليم الإلكتروني.
7. مركز القياس والتقويم.
8. مركز الوثائق والمحفوظات.
9. وحدة الرقابة المالية.
10. وحدة التوعية الفكرية.