تُعد الإدارة العامة للشؤون المالية إحدى الإدارات التابعة لوكالة الجامعة، وتُعنى بإدارة وتنفيذ كافة العمليات المالية والمحاسبية في جامعة جازان وفق الأنظمة والتعليمات المعتمدة. تأسست مع نشأة الجامعة عام 1426هـ، وتطورت لتواكب التحول الرقمي وتعزيز الحوكمة المالية. تسهم في رفع كفاءة الإنفاق ودعم الأهداف الأكاديمية والإدارية، وتركز على تطوير كوادرها وتيسير الإجراءات المالية لضمان إيصال المستحقات بدقة وشفافية.