تتمحور الأهداف في أربعة مستهدفات رئيسية:
أولاً: المستفيدون:
1.    دعم برامج الجامعة التعليمية والبحثية والمجتمعية.
2.    دعم البنى التحتية للجامعة في المعامل والمختبرات والأجهزة الطبية ومصادر التعلم.
3.    رعاية الطلاب والطالبات الموهوبين وتطوير قدراتهم.
4.    رعاية طلاب المنح الدوليين.
5.    دعم ابتكارات البحوث العلمية النوعية لتحقيق اقتصاد المعرفة.
6.    نشر ثقافة الوقف الإسلامي وأثره في الجامعة والمجتمع.

ثانياً: العمليات
1.    توفير الموارد المالية لأوقاف جامعة جازان لتشارك بفاعلية في دعم قضايا التنمية المجتمعية داخل الجامعة وخارجها تماشيًا مع رؤية المملكة 2030 م.
2.    تطوير استثمارات وقفية مجدية وإقامة شراكات استراتيجية فاعلة مع قطاعات المجتمع المختلفة.
3.    استقطاب شرائح متنوعة من الداعمين وفق اهتماماتهم العلمية والطبية والمجتمعية.
ثالثاً: الممكنات:
1.    منظومة وقفية متميز في الأداء الإداري والمالي للوقف.
2.    خلق بيئة عمل متميزة ومحفزة وتطوير كفاءتها المتخصصة في أعمال الوقف.
رابعاً: الاستدامة:
3.    إنشاء صندوق وقفي لأوقاف الجامعة.
4.    إنشاء شركة وادي جازان الوقفية لتكون ذراعا تنفيذيا لاستدامة الأصول الوقفية وتنميتها فيما يحقق أهداف الوقف بالجامعة.